Avl

Effektivisering av genotypeprosedyrene gir resultater

Nå når første kvigene som ble genotypet begynner å kalve vil avkastningen vise seg gjennom sikrere avlsverdier for avkommene.

Cecilie Ø. Svihus

Avlsforsker i Geno

cecilie.odegard@geno.no

Hanna R. Storlien

Avlsforsker i Geno

Antall kundeinitierte GS-prøver som fikk resultater i 2018 og 2019 var i underkant av 13 000 per år, med en liten økning fra 2018 til 2019. I 2020 er det fram til og med oktober levert omtrent 17 800 resultater på GS-prøver bestilt av produsenter.

Flest kviger blir genotypet

Figur 1 viser fødselsår for genotypa hunndyr. Fra tilbudet om genotyping startet er det i hovedsak kviger som er blitt genotypet. Dette er en anbefalt strategi, fordi det viktigste er å genotype de kvigene hvor man skal gjøre en seleksjon. Genotypede kviger født i 2017 vil nå begynne å få avkom, og man får dermed se avkastningen av genotypingen igjennom sikrere avlsverdier for avkommene. Strategien med å genotype kviger i besetningen vil på sikt føre til at alle hunndyr i besetningen er genotypet, som vil gjøre seleksjonen og valgene man tar for hvert enkelt dyr enda sikrere.

Figur 1. Genotypede hunndyr fordelt på fødselsår til dyra. For 2020 er det inkludert data fram til 10. november 2020.

Ventetiden er redusert

Andelen GS-prøver per år som har ventet mindre enn 20 dager fra GS-prøvene er sendt fra Biobank til genotyperesultater er levert fra laboratoriet har økt for hvert år, som vist i figur 2. I 2018 fikk omtrent 25 prosent av GS-prøvene genotyperesultater innen 20 dager, mens i 2020 har denne økt til nesten 70 prosent, og nesten 90 prosent av prøvene har fått resultater før det er gått 30 dager.

Samtidig som ventetiden er redusert, er det fortsatt anbefalt at man genotyper kvigekalvene så raskt som mulig etter at de er født. Dette vil føre til at resultatene fra GS-prøven er tilgjengelig på det tidspunktet det gjøres seleksjon på kvigene. Selv om Geno ikke har sendt ut beskjed om at dyret er interessant, blir det likevel med i vurderingen når det skal velges ut embryodonorkviger.

Figur 3 viser fordelingen av bestilte GS-prøver gjennom året, for år 2018, 2019 og 2020. Figuren viser en trend over år hvor det er mest genotyping på høst og vinter og minst på sommeren, som også er forventet. Grunnen til den høye økningen i antall GS-prøver i mars og april 2020 forklares av GS-kampanjen hvor man fikk redusert pris på genotyping.

Figur 2. Prosentandel av GS-prøver som har ventet i 10-20 dager, 21-30 dager, 31-50 dager eller 51-100 dager på resultater, fordelt per år. For 2020 er det GS-prøver fra januar til oktober.

Økt kvalitet på genotypeinformasjon

De prøvene som får resultater mellom 31 og 50 dager etter at de er mottatt hos Biobank, er som oftest prøver som må genotypes på nytt fordi de feilet den første gangen. Det er blitt gjort en god jobb på å øke kvaliteten på genotypingen, som har redusert antall prøver som må sendes til re-genotyping. Samtidig er det viktig at de prøvene med usikre genotyperesultater blir analysert på nytt, slik at genotypeinformasjonen som brukes inn i avlsverdiberegningene er av høy kvalitet. De aller fleste prøvene vil etter andre forsøk få godkjent genotypen, de vil da oppfylle de kvalitetskravene som settes. For de som ikke blir godkjent er det behov for å hente inn nytt ørevev, og nytt prøveutstyr vil dermed bli sendt ut til de dyrene det gjelder.

Figur 3. Antall bestilte GS-prøver per måned i 2018, 2019 og 2020 (data til og med 10.nov.)

Potensial for ytterligere effektivisering

Når genotyperesultatene er klare fra laboratoriet tar det mellom 1-3 uker før avlsverdier hvor genotypene er inkludert, blir publisert i Kukontrollen. I dag beregnes det nye avlsverdier hver andre uke. Derfor kan det skje at noen genotyperesultater må vente nesten to uker på at en ny avlsverdiberegning skal startes.

Total tid fra Biobank har mottatt prøven til avlsverdier er publisert er redusert fra vi startet å tilby genotyping, og vi ser at vi har potensial til å redusere tiden ytterligere på sikt. Avlsverdiberegningene tok tidligere over en uke, mens i dag tar selve beregningene omtrent tre dager og det jobbes med å effektivisere dette ytterligere. Dette gir oss muligheter til å beregne avlsverdier hver uke og dermed redusere tiden ytterligere.