logoBuskap

Avl
Avl

Nytt genotypedatasett i ­produksjon

Genotype-dataene som blir brukt i avlsverdiberegningene har nå blitt forbedret, og man vil ved beregningene i sommer kunne ha opplevd en litt større endring i avlsverdiene enn det man har mellom vanlige kjøringer.

Arne B. Gjuvsland

arne.gjuvsland@geno.no

Avlsforsker i Geno

Øyvind Nordbø

oyvind.nordbo@geno.no

Avlsforsker i Geno

Håvard M. Tajet

havard.melbo.tajet@geno.no

Avlssjef i Geno

Geno anvendes all til­gjengelig informasjon, både stamtavle, geno­typer og dataregistreringer inn i en stor statistisk modell for beregning av avlsverdier. For å få en så riktig rangering av dyr som mulig, er det viktig at genotypedata og stam­tavledata er harmonisert. Vi hadde en større opp­retting og oppgradering av genotypedataene for ca. to år siden som var omtalt i Buskap nr. 6 i 2018 (se buskap.no), og vi får nå en mindre oppgradering for å bedre presisjonen ytterligere. Utslagene nå vil være mye ­mindre enn for oppgraderingen for to år siden, men man vil som resultat av forbedringen kunne oppleve at dyr vil kunne endre avlsverdi med ­o­pptil 5 indeks­poeng. Figuren viser at omkring 90 prosent av dyra ikke endrer seg mer enn +/- 2 indekspoeng.

Genotype-dataene som blir brukt i avlsverdiberegningene blir stadig bedre, og med den siste oppgraderingen vil forskjellen i avlsverdi mellom ikke-genotypa og genotypa dyr være helt borte. Foto: Jumpstory

Fire nye/forbedrete elementer i oppgraderingen

  • Nytt referansegenom: Imputeringa (innfylling av manglende eller feil genotypedata) er nå basert på det nye referansegenomet for storfe. Arbeidet med nytt referansegenom var omtalt i Buskap nr. 4 i 2020 (se buskap.no) og handler om at kartet for kuas arvemateriale er blitt forbedret. Dette gjør at det blir færre feil i de genotypene som går inn i avlsberegninga.

  • Oppdatert programvare: Dataprogrammet FImpute, som vi bruker for å fylle inn manglende eller feil genotyper (imputering) har kommet i ny versjon. Dette reduserer også mengden feil i genotypene.

  • Nytt SNP-sett: Utvalget av genetiske markører som blir brukt inn i avlsverdiberegninga er forbedret. Antallet markører (SNP-er) er omtrent det samme, økning fra 109 000 til 122 000, men vi har nå vært enda strengere med filtreringa og fjernet markører som viser mange avvik fra mendelsk nedarving. I tillegg har vi lagt til noen nye markører som har god kvalitet.

  • Forbedringer i innstillingene for utregninger med genomiske slektskap.

    Figur. Endring i samla avlsverdi

Bedre seleksjon – økt avlsframgang

Den viktigste konsekvensen vil være at systematiske forskjeller i avlsverdiene mellom genotypa og ikke-genotypa dyr forsvinner. Før denne endringa gikk dyr i gjennomsnitt opp i underkant av ett poeng i den samla avlsverdien når de ble genotypa. Nå vil denne ­forskjellen i avlsverdi mellom ikke-genotypa og genotypa dyr være helt borte. Dette vil gjøre at man kan gjennomføre en bedre seleksjon og vil derfor øke avlsframgangen til NRF.