Avl

Raskere svar på prøver til genotyping

Med ny avtale med et laboratorium som har stor kapasitet vil vi ta ned ventetiden det tar fra Biobank har mottatt ørevevsprøvene til GS-resultatene er klare. Vi skal nå levere resultatene innen 6–10 uker etter at Biobank har mottatt ørevevsprøvene.

Cecilie Ødegård

Forsker

Cecilie.Odegard@geno.no

Ingunn Nævdal

Husdyrkonsulent

ingunn.nevdal@geno.no

Marte Holtsmark

Forsker

Marte.Holstsmark@geno.no

Alle i Geno

Det er ikke nødvendig å bestille genotyping av kvigekalver som Geno er interessert i å genotype. Da vil du få tilsendt prøvemateriell automatisk. Bildet viser ei av embryokvigene på Store Ree.

Foto: Hanna Storlien

Det er mange involverte ledd i prosessen fra genotyping er bestilt til resul­tatene foreligger. Det første leddet kan produsenten påvirke selv, ved å ta og sende inn ørevevsprøven så raskt som mulig etter at prøvematerialet er mottatt. Tiden en produsent bruker på å sende inn ørevevsprøven kommer i ­tillegg til leveringstiden vi oppgir. Når ørevevsprøven er sendt vil det ta noen dager i postgang før Biobank har mottatt ørevevsprøven og kan registrerer den som mottatt hos seg.

Den optimale prøveflyten

Når Biobank har mottatt prøven kan det ta fra tre dager til tre uker før den blir videresendt til laboratoriet for genotyping. Selve genotypingen tar to uker å utføre, og når Geno mottar resultatene fra genotypingen tar det omtrent en uke å behandle geno­typene og beregne nye avlsverdier. Når beregningene er klare publiseres avlsverdiene på medlem.tine.no sine sider under Styring og planlegging/­Avlsverdier NRF.

Grunnen til at prøvene kan bli værende hos Biobank over en lengre periode har med logistikken for når de blir sendt videre til genotyping. Per i dag har vi to laboratorier vi sender prøver til, og disse mottar prøver fra oss hver tredje uke. Det jobbes kontinuerlig med å optimalisere dette, og vi håper på sikt at vi kan redusere denne ventetiden.

Det har vært lang ventetid på svar

Vi ser at for prøver som produsentene har bestilt selv, så har ventetiden hos Biobank vært lenger enn tre uker. Noen prøver har blitt liggende opp mot seks uker før de har blitt sendt til genotyping. I tillegg har vi hatt en lang ventetid på analysesvarene fra ett av laboratoriene vi har brukt. Dette har ført til at det har tatt veldig lang tid fra ørevevsprøven er blitt sendt inn til ­Biobank og til vi har mottatt analyse­svarene fra genotypingen.

Ny avtale med laboratorium

Med ny avtale med et laboratorium, ser vi allerede at vi har økt vår kapasitet og at det vil være svært få prøver som må vente lenger enn tre uker før de blir sendt fra Biobank til labora­toriene som gjør genotypingen.

Det har tatt noe lengre tid enn vi i utgangspunktet trodde å inngå en avtale med et nytt laboratorium. For å inngå en slik avtale er det viktig at laboratoriet er konkurransedyktig på pris, men også kan levere genotyper av god kvalitet. Vi har derfor hatt et samarbeid med det nye laboratoriet siden i sommer for å optimalisere genotypingen hos dem, slik at vi får den kvaliteten vi ønsker på resultatene. Vi har nå startet å sende DNA til denne laben rutinemessig hver tredje uke.

Antall prøver bestilt etter sommeren

Antall prøver som er bestilt etter sommeren er lavere enn i fjor (figur 1). Dette har nok å gjøre med at vi har hatt lang ventetid på resultater og på grunn av den spesielle sommeren. Men nå er det ingen grunn til å la være å genotype nye dyr. Prosessen vil alltid ta litt tid, uansett hvor mye vi får effektivisert hvert ledd. Det er derfor viktig at det tas ørevevsprøve av de dyrene man ønsker genotypet i god tid før man skal gjøre rekrutteringen. Bestill gjerne genotyping av kviga når den er kalv. Da vil resultatene være på plass i god tid før rekruttering og seleksjon av nye dyr inn i besetningen.

Venter du fortsatt på svar på prøver innsendt før sommeren?

Vi skal nå være à jour med alle prøver som er sendt inn og mottatt hos Biobank. Dersom det er enkelte dyr som fortsatt mangler resultater etter veldig lang ventetid, er det mest sannsynlig at dyret har feilet i genotypingen. ­Dermed vil dyret måtte gjennom hele genotypeløypa igjen, og det vil derfor ta litt ekstra tid. Men man vil få resul­tater på dette dyret så fort det er genotypet på nytt. I noen tilfeller når et dyr feiler blir det sendt ut et nytt prøvemateriell for dette dyret. Det er derfor viktig at det blir tatt en ny ørevevsprøve av dyret og sendt inn til Biobank, slik at dyret kan få resultater.

Utsending av nytt prøvemateriell for dyr som feiler i genotypingen inngår i prisen og koster derfor ikke noe ekstra. Det ligger også vedlagt et informasjonsskriv som forklarer at vi trenger å hente inn nytt DNA på dyret.

Venter du derimot på svar på alle kviger og kyr som det ble sendt inn ørevevsprøver på før sommeren, ber vi deg ta kontakt med Geno på mail: post@geno.no. Husk å oppgi produsent og ørenummer på alle dyrene.

Figur 1. Antall bestilte genotyper fordelt på måned og år siden tilbudet om bestilling av genotyping startet i juni 2017.

Genotyping av kvigekalver aktuelle for embryoproduksjon

Hvis du har en kvigekalv som Geno er interessert i å genotype, vil du få ­tilsendt prøvemateriell automatisk. Det er derfor ikke nødvendig å bestille genotyping av denne kvigekalven. Resultatene fra genotypingen vil bli publisert på samme måte som for de dyrene du har bestilt selv.

Når en aktuell kvigekalv for embryo blir født, vil det fra den dagen den blir registrert i Kukontrollen ha en karantene på 10 dager hvor du som produsent ikke kan bestille genotyping på den. Men vær oppmerksom på at kvigekalven dukker opp i bestillingslisten etter de 10 dagene. Pass derfor på å ikke bestille genotyping av denne kvigekalven selv, for da vil du måtte betale for en unødvendig genotyping.

Hvis genotypen til kvigekalven feiler i genotypingen, vil vi prøve å analysere den en gang til. Dette gjør vi selv om kalven blir avslått på grunn av feilet i genotyping. Dette forutsetter at det er nok DNA igjen fra ørevevsprøven som ble sendt inn og at kvaliteten på DNA-et er av god nok kvalitet. Hvis det ikke er nok DNA igjen til å analysere kvigekalven på nytt, vil det ikke bli innhentet ny ørevevsprøve av kalven.

Dersom det ikke blir resultater etter analyse av den aktuelle kvigekalven for embryoproduksjon, kan du bestille genotyping selv på vanlig måte. Det kan være lurt å vente med å bestille genotyping på en kvigekalv som er avslått på grunn av feilet genotyping i 2–3 måneder, for å være sikker på at du ikke får resultater på den. Det er dumt å måtte betale for en unødvendig genotyping på en kvigekalv som du vil få resultater på.