Hva har blitt gjort?

Forbedringene i indeksberegningene omfatter bedre sammenstilling av geno­typer fra ulike leverandører/ulik teknologi, innføring av genetiske grupper, bedre utnyttelse av informasjon om innavlsgrad, og skalering av indekser rundt en referansegruppe av kyr, istedenfor okser.

Bedre sammenstilling av genotyper

Fra vi begynte å genotype dyr i NRF-populasjonen, har vi brukt to ulike leverandører som leverer ana­lyseverktøy for genotyping. I tillegg har teknologien utviklet seg. Dette gjør at vi må sette sammen genotyper fra ulik teknologi for å utnytte all informasjon vi har tilgjengelig. Sammenstillingen vi hadde før førte til unøyaktigheter i beregningen av slektskap, både mellom dyr genotypet med ulike teknologier og mellom genotypede og ikke-genotypede dyr. Dette var hovedårsaken til at indeksene til unge genotypede dyr ble overvurdert. Vi har nå kommet fram til en bedre ­sammenstilling av genotypene. Dette gjør at man får økt kvalitet i utvalget av avlsdyr, som vil øke den avlsmessige framgangen.

Innføring av genetiske grupper

Også for dyr med ukjente foreldre er det (selvsagt) også viktig med riktigst mulig estimering av genetisk nivå. Dette kan oppnås ved å bruke genetiske grupper i indeksberegningen, som erstatning for de ukjente foreldrene.

Hvis vi for eksempel har ei ku som er født i 2014 med ukjente foreldre, så vil denne kua, uten genetiske grupper, få beregnet et genetisk nivå som ligger på samme nivå som de eldste dyra i indeksberegningen, det vil si som dyr født på 1970-tallet. Det har imidlertid vært stor avlsframgang siden den gang og ved å inkludere genetiske grupper vil kua få beregnet et genetisk nivå som tilsvarer det vi hadde i 2014. Også indeksene til eventuelle døtre, vil være påvirket av de genetiske gruppene som erstattet de ukjente foreldrene til mora.

Til nå har det imidlertid vært noen utfordringer med å inkludere genetiske grupper i de genomiske indeksberegningene. Nå har dette blitt løst.

For det nasjonale avlsarbeidet har vi spesielt sett en effekt av genetiske grupper på estimeringen av genetisk trend for melk.

Utnytte informasjon om innavl

I vår første utgave av ett-stegs genomiske avlsverdier definerte man dyrets slektskap med seg selv som 1. Dette er imidlertid ikke korrekt, da man også bør ta hensyn til dyrets innavlsgrad. Dette er nå endret, slik at dyret får et riktigere slektskap med seg selv. Dette har først og fremst betydning på beregningstida og minimal effekt på avlsverdiene.

Endring av skalering av indeksene

Fram til nå har indeksene blitt skalert ved å bruke gjennomsnittlig avlsverdi for de tre siste årgangene med avkomsgranska okser. Dette har ­tidligere vært om lag 350 okser, som dermed representerte god bredde i NRF-populasjonen. Med overgangen til genomisk seleksjon bruker vi kun ca 50 okser i året , og en fortsettelse av denne måten å skalere på blir derfor svært ustabil på grunn av et lavere antall okser pr. år.

Skaleringen av indeksene er derfor endret til å basere seg på gjennomsnittlig avlsverdi for en definert gruppe av kyr (kubase). Dette gjøres også i svært mange andre land. Vi har valgt å definere denne kubasen med kyr som er født i 2009, 2010 og 2011. Vi setter krav til at de skal ha melkopplysninger som inngår i avlsverdiberegningene. For spredning på indeksen (standardavviket) setter vi i tillegg krav til at dyra skal være genotypet.

Hvordan skal de oppdaterte indeksene tolkes?

Disse endringene som ble tatt i bruk i avlsverdiberegningene i juni gjør det krevende å sammenligne indeksene før og etter oppdateringen. Det har ført til en endret rangering av okser og endringer i enkelte indekser. Derimot har kvaliteten på indeksene blitt bedre.